Нет, нельзя. Заключение под стражу не является основанием для увольнения работника за прогул.
Согласно пп. «а» п. 39 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 № 2 «О применении судами Российской Федерации Трудового кодекса Российской Федерации» работника можно уволить за прогул при его невыходе на работу без уважительных причин.
Если работника заключат под стражу, то до окончания срока предварительного заключения исполнять трудовую функцию он не сможет. Следовательно, дни заключения работодатель вправе не оплачивать (ст. 129 ТК РФ).
Но прогулом такое отсутствие на работе не является, так как работник не выходил на работу не по своей воле. Это подтверждается и судебной практикой. Так, суд указал, что работник отсутствовал на рабочем месте помимо своей воли, поскольку был заключен под стражу за совершение противоправного действия. Это действие не относится к дисциплинарным проступкам, за которые предусмотрено право работодателя применять дисциплинарные взыскания в рамках трудового законодательства (Постановление Президиума Московского областного суда от 13.10.2004 № 631 по делу N 44г-562/04).