В соответствии со статьей 358 Налогового кодекса РФ не признаются объектом налогообложения транспортные средства, находящиеся в розыске, а также транспортные средства, розыск которых прекращен, с месяца начала розыска соответствующего транспортного средства до месяца его возврата лицу, на которое оно зарегистрировано.
Таким образом, если после окончания розыска автомобиля он не был возращен владельцу, платить транспортный налог не требуется.
Факт угона и возврата владельцу транспортного средства подтверждаются как документом, выдаваемым уполномоченным правоохранительным органом, так и сведениями, полученными налоговой инспекцией из регистрирующих органов (ГИБДД, инспекции гостехнадзора и т.п.) в рамках межведомственного взаимодействия.
В случае начисления транспортного налога за транспортное средство, которое находится в угоне, Вам необходимо обратиться в налоговый орган с заявлением, с приложением сведений из регистрирующих органов.